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科学大讲堂 | 姚建华畅谈“人工智能在基因计算中的研究和应用”

3月3日下午,腾讯AI实验室AI医疗首席科学家姚建华博士应邀作客理学院第102期科学大讲堂,带来题为“人工智能在基因计算中的研究和应用”的主题报告。化学系教授田瑞军主持讲座,并为姚建华颁发科学大讲堂荣誉证书。

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田瑞军为姚建华颁发荣誉证书

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姚建华作报告

基于组学技术的成熟,计算生物学已经成为生物领域发展的必备要素。在讲座中,姚建华首先回顾了中心法则的组成以及测序技术的发展历史,指出随着近年来单细胞测序技术的突破,为解答生命科学问题创造了条件。然而,当前该领域仍面临如数据维度高、基因表达数据无序等问题和挑战,现存方法尚未充分利用基因之间相互作用先验知识、数据缺失普遍、批次效应等。随后,姚建华提出,基于深度学习,建立高效的、通用的、统一的基因编码模型有助于解决上述问题。

姚建华详细介绍了scBERT:基于大规模预训练语言模型的单细胞注释模型,即通过针对性设计基因编码和表达编码,有效转换表达谱数据作为模型输入,降低数据噪声,并通过应用Performer编码器,无需降维、筛选特征基因,具备高分辨率的全基因组级别特征解释性。姚建华还陆续介绍了基于单细胞蛋白组编码特征、空间组学技术相关的研究成果。基因测序技术突飞猛进,需要具有分析复杂大数据能力的新型AI算法。AI在研究多组学基因调控网络、空间组学分析等应用上正发挥作用,为探索生命科学基本问题提供了工具。基于此,他重点介绍了基于AI模型助力免疫组库测序和分析的研究,此研究可以大大缩小研究人员筛选抗原抗体结合表位的工作。

在问答互动环节中,现场师生就scBERT、模型所需数据量、模型适用场景等方面进行提问与讨论,姚建华逐一进行了详细解答。

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