物理系是2011年南方科技大学设立的第一批五个院系之一，致力于提供一流的物理学教育和开展顶尖的物理学研究，培养数理功底扎实，高起点，视野开阔，有创新精神和能力的拔尖人才。物理系具有本、硕、博三级培养体系，已建成完善的学生培养、学位授予层次，现有物理学和应用物理学两个本科专业，2018年5月获得物理学一级学科硕士、博士学位授权点，2019年10月获批物理学博士后科研流动站。

物理系有一支年轻的科研教学队伍，含专职教师45人，其中讲席教授9人，教授5人，副教授24人，助理教授5人，教学教授2人，另有研究系列教授20余位。专职教师中，有4位中科院院士，4位国家杰出青年科学基金获得者，5位教育部特聘教授，3位高层次人才特支计划获得者，1位广东省杰出青年科学基金获得者，2位南粤优秀教师，2位“珠江人才计划”领军人才，5位深圳市“鹏城学者”。教师全部有境外T100大学与研究所学习、工作的经历，全部具有博士学位。物理系现有二级学科凝聚态物理、理论物理、计算物理和光学，同时正在布局天体物理、粒子物理和生物物理等方向的学科。研究领域涉及物理各个方向，包括量子输运及调控、表面物理、计算物理、凝聚态物理理论、量子信息与量子计算、原子分子光物理等。

近年来，物理系教师积极开展科研工作，发表高水平学术论文，逐步积累国际影响力。物理系教师共承担293余项国家级、省部级、地方级科研项目，包括国家自然科学基金项目108项，科技部/教育部项目21项，广东省自然科学基金、重点领域研发计划及联合基金等项目43项，深圳市项目94项，科研经费累计超6亿。另外，我系教师在Nature, Science, Physical Review X, Physical Review Letters等学术刊物上累计发表论文逾1900篇，其中以南科大为第一或通讯作者单位的文章1089篇，其中影响因子>10或者PRL等顶级期刊有315篇。体现了我系科研人员深厚的学养和突出的科研能力。南方科技大学承载了我国高校教育改革的历史重任，正向国际化、高水平、研究型大学的方向快速发展，物理系紧跟学校步伐，做好中长期发展规划，努力奋进，不断增强自身的软硬件综合实力，力争保持前进势头，早日建设成为有世界一流水准的物理系。(数据截至2022年11月)