化学系已独立承担超过88项国家级、地方级的科研项目，包括国家自然科学基金项目64项，总科研经费超过1.7亿元。过去的三年中，以南科大为通讯作者身份在Nature，Science，Nat. Comm.,Chem. Soc. Rev.，JACS，Angew. Chem. Int. Ed. 及其他化学权威期刊上发表重要论文440余篇，平均影响因子超过4.0，部分研究成果先后得到Nature，Nature Chem.等期刊的重点推荐或亮点报道。根据ESI 2018年7月最新一期排名数据：我校化学学科进入ESI全球前1%，这是我校首次进入ESI排行榜。数据显示，化学学科共发表ESI论文630篇，总被引用次数7687次，篇均被引数12.20次。（论文统计时段：2008年1月-2018年4月）

根据Incites数据库显示，我校化学科学论文的CNCI（学科规范化的引文影响力）为1.93，表明论文的平均被引表现为世界平均水平的1.93倍。2018全球自然指数排行榜(Nature Index 2018 Tables)统计数据显示：南方科技大学化学领域排名冲入全球100名；2018年南科大化学学科在自然指数排行榜中国内地大学中排名第28位。（数据来源2017年12月到2018年11月）。